Um 1158 lag der Weiler Keferloh an einer wichtigen Straßenkreuzung. Von Schäftlarn her zog die alte Isarparallele weiter über Föhring zum Freisinger Bischofsitz. Seit der Verlegung der Isarbrücke von Föhring nach Munichen durch Heinrich den Löwen ging die alte Salzstraße von Wasserburg über Zorneding und das heutige Neukeferloh unmittelbar durch Keferloh, sie zog weiter über Haidhausen zum Gasteig und damit zur neuen Isarbrücke.
Es war also ein wertvoller Grundbesitz, den 1158 das Prämonstratenserkloster Schäftlarn durch ein kompliziertes Tauschgeschäft erwerben konnte.
Unter dem Schäftlarner Probst Heinrich wurde 1170 - 1173 eine romanische Kirche mit beachtlichen Ausmaßen von 10,40 x 20,80 Metern errichtet.
An ihrer Ostseite erhielt sie eine halbrunde Apsis mit Wandmalereien aus dieser Zeit: Christus als Weltenrichter in der Mandorla, flankiert von Petrus und Paulus, darunter die Reihe der Apostel.
Am Fest des Hl. Aegidius, am 1. September 1173, weihte der Freisinger Bischof Adalbert die Kirche zu Ehren des Hl. Aegidius, dessen Kult als eines aus Frankreich stammenden Heiligen von den ebenfalls aus Frankreich stammenden Prämonstratensern besonders gepflegt wurde. Er starb um 720 als erster Abt des von ihm gegründeten Klosters St. Gilles (=Aegidius) in der Provence (Mehr Info´s zu Aegidius)
In der Gotik wurde der Kirchturm um ein Geschoß erhöht und mit gotischen, spitzbogigen Schallöffnungen versehen. Im Barock wurden die kleinen romanischen Fenster zugemauert und große Fenster in die Außenwände, auch in der Apsis, gebrochen. Die Apsis wurde abgemauert und diente fortan als Sakristei.
Nach der Säkularisation erhielten die beiden Bauernhöfe Keferlohs die Kirche je zur Hälfte.
Erst um 1960 ging die Kirche wieder in das Eigentum einer kirchlichen Stiftung, der Pfarrpfründestiftung Putzbrunn, über.
Der Bau war inzwischen in einem jämmerlichen Zustand und wurde 1964 - 1966 unter Leitung des Bayerischen Landesamtes für Denkmalpflege reromanisiert. Die großen Barockfenster wurden zugemauert, die kleinen romanischen Fenster gesucht und wieder geöffnet, sogar der Kirchturm musste sich den Rückbau der gotischen Aufstockung auf die Höhe der Romanik gefallen lassen.
Leider setzt man ein Verputzmaterial ein, das sich als höchst ungeeignet erwies. Die Kirche wurde zugesperrt und nur selten benutzt. Ihr Mauerwerk wurde feucht; die Feuchtigkeit bedrohte die wertvollen Wandmalerein.
2003 gründete sich ein Förderverein der sich seitdem um die Renovierung dieses Kulturdenkmals annimmt.